Sa simula ng istorya, isang sikat na detektib si Shinichi Kudo, isa rin siyang mag-aaral sahayskul. Isang araw, pumunta si Shinichi sa isang theme park na may pangalan na Tropical Land. Kasama niya si Ran Mouri, ang kanyang kaibigan mula pa pagkabata. Habang naroon sila,nagkaroon ng pagpatay hanggang sila ay nagsasaya sa roller coaster, dumating ang pulis para lutasin kung sino ang pumatay at tumulong din si shinichi para lutasin ito. Pinag-aralan nya ito at nakilala nya ang tatlong bata na may hawak na perlas at sawakas alam na niya kung sino ang pumatay. Pinaliwanag nya kung paano siya namatay at pinakita rin nya ito kung paano ginawa ang pagpatay, nahuli ang salarin at nalutas ni Shininchi ang pagpatay sa isang pasahero ng roller coaster. Naguusap sila ran at shinichi Habang pauwi na sila galing sa Tropical Land, nakakita ng mga taong nakaitim na may nakakahinalang gawain. Nakita siya ng isa mga taong iyon natuklasan niya ang madilim na gawain na walang nakakaalam kahit mga pulis, nakita siya sa isang kasama ng taong nakaitim at pinatulog siya. Sapilitang pinainom si Shinichi nag misteryong gamot at iyon ay Apoptoxin-4869 (APTX-4869), isang lason na dapat sana'y pumatay sa kanya, ngunit hindi siya namatay. Nang nagkaroon siya ng malay, nakita siya ng ibang mga pulis at nagtaka siya bakit tinawag siyang bata. Tinawag ng pulis ang ibang kasama at paglingon nya ay nawala siya, tumatakbo siya at nagtataka siya bakit kuti lang ang kanyang natatakbo at mabilis din siya mapagod. Nakita niya sa salamin na makita nya ang kanyang sarila, nagulat siya na naging bata na siya.

Pumunta siya sa bahay ni Dr. Hiroshi Agasa na kanyang kapit bahay, malapit na kaibigan at isang sikat na imbentor, pinaliwanag nya ang lahat ng nanyari at sa simula ay hindi siya naniwala at gumawa ng paraan kaagad para masabing siya si shinichi kudo at sawakas naintindihan rin niya ito. Nalaman ito ni Dr. Hiroshi Agasa at pinayuhan si Shinichi na itago ang kanyang pagkatao para hindi malaman ng mga taong nakaitim na buhay pa siya. Biglang dumating si ran at mabilis natago si shinichi, tinanong ni ran kung nasaan si shinichi at nang nagtatanong siya, nakita niya ang bata na si shinichi. mabuti at hindi pa siya nakikilala dahil sa suot na niya ang salamin ng kanyang tatay. Tinanong siya ni Ran kung sino siya, nakakita siya ng mga librong isinulat nina Arthur Conan Doyle at Edogawa Rampo at sinabing siya si Conan Edogawa. Simula noon, naging "Conan Edogawa" ang pangalan niya. Iminungkahi ni Dr. Agasa na tumira si Conan kasama si Ran, at pumayag si Ran.

Isang detektib din ang tatay ni Ran na si Kogoro Mouri pero hindi masyadong magaling. Laging si Conan ang lumulutas ng mga kaso kasama si Kogoro. Dahil bata lang si Conan, hindi siya pinapansin ng mga pulis. Kaya ginagamit niya si Kogoro sa paglulutas ng kaso sa pamamagitan ng pagpapatulog sa kanya gamit ng isang watch-type anaesthesia gun at nagkukunwari na si Kogoro gamit ng isang voice-changing bowtie para gayahin ang boses niya.

Ilan pang mahalagang tauhan na lumabas sa series ay ang mga magulang ni Shinichi na sina Yusaku at Yukiko Kudo, at ang karibal na detektib at kaibigan na si Heiji Hattori, ang kaibigan ni Ran na sina Sonoko at Kazuha at ang detective boys na sina Ayumi, Mitsiko at Genta. Dumating rin ang isa sa mga "black organization" na si Shino Miyano o tawag sa kanya ay Sherry, pinatay ng "black organization" ang pinakamamahal nyang kapatid at siya rin mismo ang gumawa nang lason na parehas na pinainom kay shinichi at iyon ay ang 'APOPTOXIN 4869' o 'APTX-4869', ininom nya ito para lasunin ang kanyang sarili at mamatay pero hindi ito nangyari, naging bata siya at nakatakas at ngayon ay handang tulungan si shinichi para makabalik sa kanyang tunay na katawan at alam siya sa pangalan na Haibara Ai.

Meron naring nakakaalam ng kanyang tunay na pagkatao at iyon ay sina Dr. Agasa, Heiji Hattori, ang kanyang pamilya na sina Yusaku Kudo at Yukiko Kudo, Haibara Ai at sa tunay na pangalan na Shino Miyano, at ang hari ng magnanakaw na si Kaito KId. Minsan ay nalalaman ni ran na si Conan ay talagang si Shinichi pero gumagawa siya ng paraan para magbago ang kanyang isip na hindi talaga siya si Shinichi.

Maraming misteryo ang nalalaman ni Conan na tunay na pangalan ay Shinichi. Wala pa siyang alam tungkol sa mga ibang miyembro ngBlack Organization na sina Tequila, Calvados, Pisco, Vermouth, Kir, Chianti, Köln, Gin at isang misteryosong boss. Pero alam niya na mahuhuli rin nya ito at tapusin ang kanilang madilim na gawain at higit sa lahat ay bumalik sa totoong niyang lake at masabi kay Ran na "mahal kita" o ang tunay niyang nararamdaman kay Ran.

1. Shinichi Kudo — isang detektib ng isang hayskul na naging bata at nabuhay bilang si Conan Edogawa.
2. Ran Mouri — ang kaibigan ni Shinichi mula pa pagkabata. May nararamdamang pag-ibig si Shinichi sa kanya. Ganun rin si Ran. Pero hindi pa nila ito inaamin tuwing magkaharap sila.
3. Kogoro Mouri — isang pribadong detektib na hindi masyadong magaling sa paglutas ng kaso. Ikinasal siya kay Eri Kisaki, isang matagumpay ng abogada. Sa kasalukuyan ay naghiwalay na sila.
4. Hiroshi Agasa — makalimuting propesor na nag-iimbento ng mga bagay na makakatulong kay Conan sa paglulutas niya ng kaso.
5. Juuzo Megure — inspektor na kumukuha ng mga clue na hindi nakita nina Conan at Kogoro. Dati niyang kasama sa trabaho si Kogoro.
6. Ayumi Yoshida — isang batang babae na nakipagkaibigan kay Conan. Miyembro siya ng Junior Detective Squad. (Detective Boys sa orihinal na bersyon)
7. Genta Kojima — kaibigan ni Ayumi. Lagi niyang sinasabi na siya ang lider ng Junior Detective Squad.
8. Mitsuhiko Tsuburaya — kaibigan ni Ayumi na gumagamit ng scientific approach.
9. Sonoko Suzuki — matalik na kaibigan ni Ran. Naloloka siya sa mga lalake. May kapatid siya na ang pangalan ay Ayako Suzuki.
10. Heiji Hattori — ang karibal na detektib ni Shinichi na galing sa Osaka. Di nagtagal ay naging magkaibigan sila ni Shinichi. May relasyon siya kay Kazuha Toyama.
11. Shiho Miyano — (alyas Sherry, Ai Haibara) — dating miyembro ng Black Organization na gumawa ng APTX-4869, ang drogangnagpaliit sa katawan ni Shinichi. Tinaksilan niya ang organisasyon dahil pinatay ni Gin ang kapatid niya na si Akemi Miyano. Linunok ni Shiho ang droga at naging bata. Naninirahan na siya ngayon kasama si Dr. Agasa sa pangalan na Ai Haibara. Naging miyembro siya ng Junior Detective Squad.
12. Yusaku Kudo — ang tatay ni Shinichi. Isa siyang sikat na manunulat ng mga kwentong detektib, lalo na sa mga kuwento tungkol kay Night Baron.
13. Yukiko Kudo — ang nanay ni Shinichi na isang dating aktres.
14. Kaitou Kid — isang magaling na magnanakaw na hindi pa naaaresto. Kamukha niya si Shinichi. Nagkaroon rin siya ng sariling seryeng manga na may pangalan na Magic Kaito. (Hindi lumabas sa bersyong Tagalog.)
15. Vermouth — isa sa mga importanteng miyembro ng Black Organization. Ang kanyang totoong pagkatao ay Sharon Vineyard, isangAmerikanong aktres na natutunan ang pagbabalatkayo kasama si Yukiko Kudo. (Hindi lumabas sa bersyong Tagalog.)
16. Gin — isa ring importanteng miyembro ng Black Organization. Siya ang nagbigay ng APTX-4869 kay Shinichi.
17. Vodka — miyembro ng Black Organization na laging kasama si Gin.